中央流行疫情指揮中心已解編，疫情期間立下汗馬功勞的「正壓檢疫亭」，空間大且難以被活用，疫後恐淪為路邊淒涼的「蚊子亭」。若以國內每家大型醫院約有兩個以上檢疫亭，推估全台至少有三百多個。一座檢疫亭至少卅萬元起跳，拆除檢疫亭銷毀，又得分為醫療廢棄物與一般廢棄物，多數醫院暫存院內，等待下個百年大疫。

回憶去年疫情延燒期間，滿滿的人龍排在正壓檢疫亭前，等待ＰＣＲ採檢，隨著疫情過去，檢疫亭掛著檢疫手套，隨風飄盪，成了醫院棘手的防疫物資。新光醫院副院長洪子仁說，正壓檢疫亭造價不菲，單人艙卅萬元起跳、六人艙要價五十萬以上，如果是高規格版本，加掛冷氣，造價則高於五十萬元。

基本款的正壓檢疫亭，需設有紫外線殺菌燈、風機濾網、連接式採檢手套、強化玻璃、保溫庫板、對講機等，維持檢疫亭內的正壓環境。洪子仁說，若依廢棄物處理正壓檢疫亭，需一筆清潔費，部分設備可能要以醫療廢棄物處理，「非常麻煩」，加上不知哪天又有新興病毒來襲，除非腹地不足，多數醫院都先儲放在倉庫。

台北榮總副院長李偉強表示，正壓檢疫亭即當時的醫院快篩站，過去確診唯一條件為「ＰＣＲ陽性」，現在ＰＣＲ不再是唯一依據，院內外篩檢站幾乎都已除役。

中國附醫副院長黃高彬說，院內急診外的防疫門診及快篩站均未拆除，「誰敢保證新冠病毒哪天突然蜂擁而出？」院方決議暫時留下，待疫情真正過去。

北部大型醫院，台北榮總拆除十二個，保留兩個暫放院內，馬偕醫院八座檢疫亭全存放淡水馬偕，振興醫院及台北長庚也存放院內；林口長庚、台大、三總憂心疫情再起，未來患者可能增加，因此將檢疫亭放置原處，視疫情狀況應變，不過目前都沒做篩檢使用。

衛福部醫事司副司長劉玉菁表示，針對社區設置篩檢站，依「各地方政府篩檢站設置指引」，站內物品接觸到民眾粘膜、唾液、鼻涕等，或正壓環境所使用的空氣濾紙，應當作感染性醫療廢棄物；冷氣等其他物品，若要丟棄，須先消毒，才能依一般廢棄物處理。